В нашей организации для управления проектами используется Redmine. Система довольно удобная для программистов и работать с ней довольно легко. А для в целях совершенствования системы управления персоналом мы используем Мегаплан. Крайне приятный программный продукт, который помогает управлять проектами с большим количеством участников. Руководители довольны, сотрудники тоже лишний раз не отвлекаются на различные планёрки-совещания по любому пустяковому поводу, а лишь когда это действительно необходимо. В общем, рекомендую попробовать эту систему в деле, возможно вам приглянётся.